В позицията се казва, че за тях работата в комисията, която е експертен, а не политически орган, е била възможност да помогнат за преодоляване на проблемите, които съществуват между двете държави, „но поради приетите документи от правителството в София - рамковата позиция и обяснителния меморандум, безотговорното поведение на политиците в двете страни, както и безотговорните и политизирани изказвания на някои от колегите от българската част на комисията и политически мотивираното напускане на новия съпредседател от македонска страна (Ванчо Георгиев)”, с комисията е било злоупотребено за политически и партийни цели и интереси и в двете държави.
„Част от политиците и интелектуалците и особено историците, заради изгода и политически съображения, но и поради незнание, възприеха реториката и подхода на българската страна, което без аргументи създаде в обществото впечатлението, че в комисията се обсъжда идентичността и се прави ревизия на македонската историография. По този начин обществото ни наивно попадна в капана на националистите в България и тяхното намерение да наложат дискусия по тези въпроси през призмата на политическите интереси. Правейки това, ние всъщност пропускаме шанса да започнем сериозен академичен дебат, в който да можем открито да обсъждаме миналото, извън влиянието на политически групи, които са печелили от злоупотребата с историята през последните десетилетия. За част от македонските интелектуалци явно е трудно да се дебатира открито”, пише в позицията на досегашните представители на Северна Македония в комисията .
Според тях работата на историческата комисия е била постоянна мишена на политически мотивирани атаки от страна на множество медии и политически партии, а работата ѝ е била използвана за постигане на политически цели. В този контекст историците от Северна Македония, които вече не са част съвместната историческа комисия, поставят и изказванията на премиера Християн Мицкоски, че комисията не защитава достатъчно националните интереси на Северна Македония, наричайки ги неаргументирани, нападателни и обидни, „с които той разделя гражданите на „защитници“ и „не-защитници" на националните интереси според личните си виждания”, като по този начин „съзнателно изпраща авторитарно и заплашително послание, че на всеки, който не отговаря на неговите очаквания и политически възгледи, ще бъде поставен етикет на не-защитник на националните интереси”.
„Коментарът на министъра на външните работи и външната търговия (Тимчо Муцунски) от 5 септември 2024 г. е със същото послание, с него той обявява комисията за политически орган, който трябва да защитава стратегически външнополитически позиции. По този начин министърът казва, че историята и науката ще бъдат в услуга на политическите позиции на правителството, а не на научните и академични принципи. Това е позиция, която официална София иска, а именно историята да се обсъжда през призмата на политиката, като цялата отговорност за такъв подход е на македонската страна”, се казва в позицията.
Според извадените от състава на комисията представители на Северна Македония е необходима промяна в методологията в работата ѝ чрез включване на експерти от ЮНЕСКО, Съвета на Европа или ОССЕ, което според тях ще създаде условия „негативните политически влияния да останат встрани от работата на комисията”.
На закрито заседание в началото на седмицата правителството на Северна Македония промени част от състава на историческата комисия. Имената на историците, които влизат в нея, все още не са официализирани, но новият ѝ председател Ванчо Георгиев потвърди информацията, че ще ръководи състава от Северна Македония. Самият той беше член на комисията до 2021 г., но я напусна с аргументите, че върху работата ѝ се оказва политически натиск. В позицията, публикувана в медиите в Северна Македония, обаче се твърди, че на заседанието, което е предизвикало неговото напускане, решение не е взимано.
Следващото заседание на съвместната комисия по исторически и образователни въпроси би трябвало да бъде през септември в Скопие.