Установени са пропуски и в отчетите за наличностите от печатни издания, които не се поддържат актуални и хронологично. Складовете, в които се съхраняват архивните фондове са с течове, има влага, на места архивните материали се съхраняват на пода, електрическата инсталация е стара, а климатичните и противопожарни системи не работят, архивът използва остаряла компютърна програма от 90-те години на миналия век за обработка на фондовете, което носи риск от трайна загуба на данни, информират медиите в страната за заключенията на одитната институция.
Според доклада помещението в сградата на Археологическия музей в Скопие, където е разположен Държавният архив на Северна Македония, не отговаря на международните стандарти за архивна работа, с лоша вентилация, липса на естествена светлина и липса на адекватни аварийни изходи.
Нередности има и в обществените поръчки, като в няколко процедури са взети решения за обществени поръчки за значително по-високи суми от тези в годишния план, прилагани са неподходящи процедури, установени са и слабости при изчисляването на заплатите и при спазването на работното време, както и в кадровата политика - някои от ръководните длъжности са заети временно от служители с по-нисък ранг, което се отразява на качеството на управление и разпределението на отговорностите.
Държавният одитен орган е издал серия от препоръки към ръководството на архива в страната за подобряване на ситуацията, от организиране на инвентаризации и застраховки на имущество, през подобряване на обществените поръчки и създаване на функционален вътрешен одит, до осигуряване на подходящи пространствени и технически условия за защита на архивните единици, пишат местните медии.
Държавният архив в Северна Македония има девет регионални отдела - в Скопие, Велес, Тетово, Прилеп, Битоля, Охрид, Щип, Куманово и Струмица.