В обръщение към членовете на комисията Муцунски е подчертал, че с целия си капацитет Министерството на външните работи и външната търговия е на тяхно разположение „в процеса на отговорно и безпрепятствено по-нататъшно изпълнение на техните редовни дейности”.
„Той посочи, че решенията и дискусиите в комисията трябва да се базират на научни аргументи и при пълно зачитане на академичната свобода. В същото време той подчерта личния си ангажимент за независимост при вземането на решения от комисията, без политически влияния и натиск”, пише в съобщението.
На закрито заседание в началото на септември правителството на Християн Мицкоски промени почти напълно състава от страна на Северна Македония в съвместната комисия, сменен беше и съпредседателят ѝ, като на мястото на Драги Георгиев беше назначен Ванчо Георгиев. Новият съпредседател на комисията от страна на Северна Македония беше неин член до 2021 г., когато я напусна с аргументите, че върху работата ѝ се оказва политически натиск.
След промените в състава на комисията, вече бившите ѝ членове излязоха в медиите с позиция, в която се казваше, че работата на историческата комисия е била постоянна мишена на политически мотивирани атаки от страна на множество медии и политически партии, а работата ѝ е била използвана за постигане на политически цели и от експертен, комисията се превръща в политически орган.
Заради извършените промени в състава на Съвместната мултидисциплинарна експертна комисия по исторически и образователни въпроси между България и Република Северна Македония, планираното за септември заседание, което трябваше да се проведе в Скопие беше отложено.