На днешния ден - 19 октомври, наричан от населението около Рилския манастир и Дупнишко Отчовден (Денят на отеца), се отбелязва пренасянето на мощите на свети Йоан Рилски в град Средец. Село Скрино се сочи за родно място на българския светец. Според преданията в района е имало малък параклис, а над манастира съществува скална ниша, която се почита като първата отшелническа пещера на св. Йоан Рилски.
Манастирът се намира на около 6-7 км северозападно от град Бобошево, в планината Бобошевски Руен – част от масива Осогово.