Съгласно Правилата за финансово подпомагане на земеделските производители лихвеният процент по кредитите, отпускани пряко от ДФЗ, се утвърждава ежегодно от УС и не може да бъде по-нисък от референтния лихвен процент, определен от Европейската комисия за страната и действащ към датата на сключване на договорите за кредит. От началото на годината референтният лихвен процент за България е 3,75 на сто.
През 2024 г. годишния лихвен процент, прилаган по инвестиционните кредити, отпускани пряко от ДФЗ е бил 5,91 на сто.