От 1996 г. проф. Чобанов е ректор на висшето училище. През 1991 г. поставя основите на Бизнес факултета на БСУ и има ключова роля за изграждането и развитието на университета като едно от първите недържавни висши училища в България. От 2010 г. е президент на БСУ.
В мотивите към предложението се посочва приноса на проф. Чобанов за развитието на модела на управление на недържавното висше образование, за модернизирането на образователния процес и за утвърждаването на Бургаския свободен университет като национално и международно призната академична институция. Отбелязва се още, че той има съществен принос за утвърждаването на Бургас като университетски център. През 2004 г. е удостоен със званието „Почетен гражданин на Бургас“, а през 2012 г. става почетен гражданин на Средец.