Република Ирландия ще бъде домакин на Израел на "Авива Стейдиъм" в Дъблин на 4 октомври, докато мачът на 27 септември, определен като домакинство за Израел, се очаква да се проведе на неутрално място.
По-рано този месец водещи ирландски футболисти се присъединиха към известни личности в кампания, призоваваща за бойкот на мачовете, но от Футболната асоциация на страната (ФАИ) заявиха, че ще продължат с провеждането на двубоите, а евентуалният отказ от игра може да доведе до дисциплинарни санкции.
Тенис топки с палестинско знаме бяха хвърлени на терена в приятелския мач в четвъртък, което доведе до прекъсване на мача на два пъти, докато Макграт очаква още протести.
"Сигурен съм, че ситуацията ще се нажежи през следващите няколко месеца. Не искаме да бъдем поставяни в неблагоприятно положение", каза той пред БиБиСи.
Халфът на шотландския Хибърниън е сигурен, че играчите не желаят да участват в подобни акции.
"Ние сме футболисти и не искаме да бъдем замесени в това, но понякога може да се наложи. Надяваме се властите да се справят с това", каза още 29-годишният Макграт.
През ноември миналата година 93 процента от членовете на Футболната асоциация на Република Ирландия гласуваха да бъде оказан натиск върху УЕФА за евентуално отстраняване на Израелската футболна федерация от европейските турнири.