Храмът е осветен 1834 г., а още на следващата година първата грижа на църковното настоятелство е била да се отвори училище в двора на църквата, разказа за БТА уредникът в Исторически музей – Разлог Илия Тантилов. Четири десетилетия по-рано свещеникът Йосиф Манзурски отваря в своята къща килийно училище. Школото към храма е обществено, а потомък на поп Йосиф – Иван Попмихайлов, въвежда взаимоучителната система, като осигурява учебници и различни печатни издания. Към училището се пристроява още една стая, която е била канцелария и стая за живеене на учителя, тъй като след Освобождението на България във все още неосвободения Разлог (тогава Мехомия) започват да идват учители със специално педагогическо образование.
С откриване на новото училище през 1891 г., сградата при храма започва да се руши, а през 1928 г. възниква пожар и от нея остава само една стая, използвана за канцелария и за кръщенета. През 1940 г. архиерейският наместник Петър Дивизиев внася предложение до Общинския съвет изгорялата част от първото училище да се събори и разчисти, тъй като била опасна. В началото на 80-те години на миналия век колективът на Разложката гимназия възстановява останалата стая във вид на килийно училище, с което местните деца да могат да се докоснат до начина, по който са се провеждали учебните занятия в миналото.
През 2004 г. Историческият музей в Разлог обновява музейния обект. В годините оттогава клони на ореха, който се извисява до килийното училище, разрушават покрива на обекта. В края на миналата година килийното училище е обновено изцяло и отново запознава местните ученици и гостите на музея с методите, по които е провеждано началното обучение в миналото.
В обекта може да се видят табла, по които учениците са се учили на четене, писане и смятане. Освен тях, по стените са закачени и табла с имената и кратка история на учителите в Мехомия и история на близо двувековния храм „Свети Георги“ в града.