Клубът, основан преди 120 години - през 1904 от химика Байер, е изключително близо до това да спечели първата си шампионска титла в Германия и да запише най-успешния сезон в историята си. По този начин отборът може да се освободи и от неприятния си прякор "Вицекузен", който се дължи на факта, че тимът е бил пет пъти вицешампион на страната, като изпуска почти спечелени титли през 2000 и 2002.
Историята на Байер 04 Леверкузен започва с едно писмо през месец февруари 1903. Тогава двама работници в химическия завод - Вилхелм Хаусшилд и Аугуст Кулман, пишат писмо до ръководството, подписано от още 170 техни колеги. Те искат създаването на спортен клуб към завода на компанията, основана през 1863 година от Фридрих Байер.След като получават зелена светлина от ръководството, е създаден мултиспортният клуб ТуС 04 на 1-ви юли 1904, а футболният отбор изиграва първите си мачове три години по-късно.
Връзката между завода и клуба остава много силна. Дори и в момента Байер 04 Леверкузен е 100% филиал на концерна Bayer AG. Логото на клуба представлява кръста на "Байер", а отборът е наричан в страната "единайсеторката от завода", тъй като до 70-те години на миналия век голяма част от играчите и служителите на отбора са били работници в химическия завод.
Актуалният стадион на Леверкузен, който е открит през август 1958, се е казвал в началото Улрих Хаберланд в чест на президента на компанията по онова време и е прекръстен на "БайАрена" едва през 1998.
Преди да се присъедини към Байерн Мюнхен през лятото на 2002 и да бъде капитан на националния отбор на Германия две години по-късно, Михаел Балак става популярен именно като футболист на Байер Леверкузен. Той се присъединява към отбора през 1999 от Кайзерслаутерн, с който е шампион година по-рано. Започнал кариерата си в Кемниц (Карлмарксщат по онова време) през 80-те години, Балак е най-емблематичният футболист, минал през Леверкузен. Други големи германски имена в отбора са Улф Кирстен, Кристиан Вьормс, както и Руди Фьолер.
Настоящите национали на Бундестима Кай Хаверц (Арсенал), Тони Кроос (Реал Мадрид) или Бернд Лено (Фулъм) също са минали през отбора от града в близост до Кьолн, а настоящата звезда на тима Флориан Вирц също го чака трансфер в голям клуб съвсем скоро. Бразилците Жоржиньо (световен шампион от 1994), Лусио (световен шампион от 2002) и Зе Роберто започват кариерата си в Европа в този отбор. От друга страна, Фьолер заиграва в Леверкузен, след като вече е минал през Рома и Олимпик Марсилия, но той започва ръководната си кариера в клуба, като става негов спортен директор на 1-ви юли 1996, непосредствено след края на футболната си кариера.
Леверкузен не е сред 16-е клуба, които основават Бундеслигата през лятото на 1963. Отборът минава за кратко през трета дивизия и печели промоция в елита през 1979, като оттогава винаги играе при най-добрите. Между 1996 и 2002 тимът се настанява в Топ 4, като завършва на второ място през 1997, 1999, 2000 и 2002.
Второто място през 2000 остава огромни съжаления за феновете. По време на последния кръг на Леверкузен му трябва само една точка при гостуването на новака Унтерхахинг, който е на юг от Мюнхен. Балак обаче си вкарва автогол, а отборът губи с 0:2, като по същото време Байерн печели титлата с успех срещу Вердер Бремен. Така Леверкузен става "Вицекузен".
През 2002 отборът започва месец май като потенциален победител в три турнира. В Бундеслигата тимът има пет точки преднина три кръга преди края пред Борусия Дортмунд, но отново завършва като подгласник. Една седмица по-късно Леверкузен губи финала за Купата на Германия (от Шалке 04 с 2:4), а четири дни по-късно губи и от Реал Мадрид във финала на Шампионската лига (1:2) със знаменитото воле на Зинедин Зидан. Това бе мач, в който в края като резерва за германците влезе Димитър Бербатов и направи два пропуска. Проклятието отново удря по клуба. Същата година петима футболисти на Леверкузен - Махаел Балак, Ханс-Йорг Бут, Кирстен Рамелов, Бернд Шнайдер и Оливер Нювил, стават световни вицешампиони с Германия, като губят финала от Бразилия на Роналдо.
Сега най-после Байер Леверкузен не само може да стане шампион за исторически първи път, но и да спечели Лита Европа и Купата на Германия.