Португалският национал бе в Мюнхен в последния ден от летния трансферен прозорец и се очакваше да финализира сделката преминаването си в Байерн, но то пропадна в последния момент, въпреки че двата клуба имаха принципно споразумение. Причина за това се оказа невъзможността на английския тим да намери заместник на Палиня.
28-годишният Жоао Палиня е желан лично от старши треньора на баварците Томас Тухел, който търси подсилване на халфовата линия с играч с ясно изразени дефанзивни функции, какъвто точно е бившият футболист на Спортинг Лисабон.