Стоякович е начело на Партизан от ноември 2025 г. Под негово ръководство отборът е изиграл девет мача, като е спечелил е пет, завършил е наравно един и е загубил три.
„Партизан изказва искрена благодарност на Ненад Стоякович за поемането на отговорността да ръководи първия отбор през труден период, както и за професионалната и всеотдайна работа на тази позиция. Клубът му желае голям успех в бъдещата му треньорска кариера“, се казва в изявление на официалния уебсайт на клуба.