32-годишният Рюдигер изпитваше болки в коляното си през сезон 2024/25. Медицинският щаб на Реал Мадрид реши да извърши операцията след поражението на Реал Мадрид от Барселона на финала за Купата на Испания на 26 април - в този мач защитникът беше изгонен от терена, а след това получи шестмачова дисквалификация.
Рюдигер изигра 49 мача за Реал Мадрид във всички турнири този сезон, като отбеляза 3 гола и направи 4 асистенции.