По-рано през септември 25-годишният футболист обяви временен отказ да играе за родината си. Той разкритикува и лекарите на отбора, като ги обвини в несериозност и аматьорство.
„Никой, дори г-н Анел Ахмедходжич, не може да избира кога и по кое време може да играе за националния отбор и кога не. Никой няма да толерира никакви „временни провали“. Националният отбор е култ, свещен дълг, най-висок приоритет. Не вие избирате, а вие сте избрани!“, цитира пресслужбата на националния отбор техническия директор на тима Емир Спахич.
Ахмедходжич има 24 мача и 1 гол за националния отбор на Босна и Херцеговина. Той изигра и 1 мач за националния отбор на Швеция през 2020 година.