В разследването си бразилският главен контрольор посочи несъответствия между документите от бразилското министерство на здравеопазването и свидетелството за ваксинация на Болсонаро, което показва, че на бившия държавен глава е била поставена доза от ваксина в Сао Пауло през юли 2022 г. Според разследването обаче удостоверението за ваксинация е било "фалшиво".
Въпреки това то препоръча случаят да бъде приключен "поради липса на достатъчно доказателства" за намиране на отговорните лица, тъй като редица държавни служители са имали достъп до компютърната система и са могли да въведат неверни данни.
По време на мандата си Болсонаро неведнъж омаловажаваше значението на имунизацията и мерките за социална дистанция по време на пандемията. Той често заявяваше, че не се е ваксинирал срещу болестта и няма да го направи, припомня Ройтерс. Той също така отхвърли ефективността на ваксините и разпространи страхове относно възможните странични ефекти от имунизацията, като стигна дотам, че невярно свърза ваксината с развитието на СПИН.
Експрезидентът се зарази с КОВИД-19 през юли 2020 година.