Средствата са били проследени в повече от 50 банкови сметки, съобщиха оттам.
Министърката по хуманитарните въпроси и борбата с бедността Бета Еду първоначално беше временно отстранен от длъжност през януари заради предполагаемото отклоняване на 640 000 щатски долара публични средства в лична банкова сметка.
След това президентът Бола Тинубу разпореди разследване на нейното министерство.
Тогава 37-годишната д-р Еду отрече да е извършила каквото и да било нарушение. От кабинета ѝ заявиха, че тя е одобрила превода в лична сметка, която не е била на нейно име, но заяви, че е била за "изпълнение на безвъзмездни помощи за уязвими групи".
Комисията за икономически и финансови престъпления (КИФП) заяви, че по време на досегашното си близо шестседмично разследване е открила неща за проучване.
"Както е в момента, ние разследваме над 50 банкови сметки, в които сме проследили парите. Това не е детска игра. Това е голяма работа", заяви нейният председател Ола Олукойеде в последното издание на месечното електронно списание на агенцията - EFCC Alert.
Той призова нигерийците, които търсят обезщетение, да дадат време на агенцията да приключи задълбочено разследването си.
"Проучваме толкова много открития, на които се натъкнахме в хода на нашето разследване. Ако става въпрос за това да видим хора в затвора, нека изчакат, има си процес, който трябва да се следва", каза той.
Председателят на КИФП увери, че възстановените средства "вече са в хазната на федералното правителство".
Отстраняването на министър е рядко явление в Нигерия, напомня Би Би Си.