Франциск е потвърдил съпротивата на католическата църква срещу еднополовите бракове, но на няколко пъти е повтарял, че еднополовите двойки имат право да бъдат защитени със закони за гражданските съюзи.
По-голямата отвореност към ЛГБТ общността беше един от отличителните белези в 11-годишния понтификат на Франциск, докато по-консервативният Бенедикт не беше известен като съпричастен към каузата.
Въпреки това Франциск разкри в издадената в Испания книга "Папа Франциск. Наследникът: Моите спомени за Бенедикт Шестнадесети", базирана на интервюта с журналиста Хавиер Мартинес-Брокал, че неговият предшественик се е застъпил за него пред неназована група кардинали, които отишли при него, за да се оплачат от „ереста“ на еднополовите граждански партньорства.
„Те ме обвиниха пред него (Бенедикст), че подкрепям еднополовите бракове“, разказва Франциск в книгата.
Бенедикт ги изслуша, „помогна им да разграничат нещата“ и им каза, че казаното от Франциск „не е ерес“, продължи папата.
През декември Франциск позволи на свещениците да благославят еднополовите двойки, предизвиквайки възмущение сред консервативните среди в католическата църква. Той настоя, че това не означава официално одобрение за нехетеросексуални връзки.