Годжай беше заподозрян в разкриването на имена на защитени свидетели по няколко дела, свързани с войната в Косово. Също така той беше обвинен в сплашване и възпрепятстване на официални лица при изпълнение на служебните им задължения съгласно наказателния кодекс на Република Косово.
Специалният съд за Косово в Хага разследва военни престъпления, извършени по време на войната в Косово през 1998-1999 г.
В момента в съда тече дело срещу бившите лидери на разформированата Армия за освобождение на Косово Хашим Тачи, Кадри Весели, Реджеп Селими и Якуп Красничи.