Идеята за музея се ражда през 1889 г., а откриването му е само няколко години по-късно - през 1892 г. Днес в залите му са изложени около десет хиляди експоната, които съхраняват историята на средиземноморски град от гръко-римската епоха до 641 година.
В рамките на реновирането цялата сграда е стабилизирана, фасадата в римски стил е реставрирана, изложбените зали са модернизирани, като е инсталирана модерна система за климатичен контрол.
Сред експонатите са статуи на Александър Велики и владетели от птолемейската династия, тангарийски статуетки, монети, мозайки, артефакти, извадени от потъналите в морето древни градове в района на Александрия.