Обектът е известен на науката от 1939 г., когато Васил Миков извършва първите сондажни проучвания. Археологическите изследвания разкриват културни пластове от Средновековието, римската епоха, желязната епоха, ранната бронзова епоха и халколита (каменно-медната епоха). След прекъсване по време на Втората световна война, проучванията са възобновени през 1976 г. и продължават вече пет десетилетия под ръководството на Националния археологически институт с музей при Българската академия на науките в партньорство с Регионалния исторически музей – Пазарджик, уточняват още те.
През годините в археологическите проучвания участват български и чуждестранни учени. От 2013 г. ежегодно се организира полевата археологическа школа „В търсене на най-ранната европейска цивилизация: Селищна могила Юнаците“, която се провежда с участието на студенти, млади специалисти и доброволци от различни държави и се организира от Фондация „Балканско наследство“, добавят от музея.
По повод юбилея доц. д-р Камен Бояджиев от Националния археологически институт с музей при БАН, научен ръководител на археологическата експедиция „Селищна могила Юнаците“, ще изнесе публичната лекция „50 години археологически проучвания на Селищна могила Юнаците (1976–2026). Половин век открития от дълбините на времето“.
Справка в документи на Регионалния исторически музей (РИМ) в Пазарджик показва, че разкопките започват през 1939 г., като са прекратени поради избухването на Втората световна война. Работата е подновена през 1976 г., а от началото на новото хилядолетие експедицията е международна. Участват също доброволци от САЩ, Канада, Австралия и Италия чрез договор между музея и Фондация "Балканско наследство". През последните няколко години средствата за експедициите осигурява Министерството на културата.