Милке е заподозряна в нарушения на правилата за държавните служители. Според разследването нейни подчинени, когато е била министър на вътрешните работи, са били ангажирани с предизборната й кампания. Милке заявява, че в случая става дума за спор между нея и обвинението как да се тълкуват някои правни понятия.
Жоел Милке напусна държавното управление от 2016 г. и след това временно беше съветник на бившия председател на Европейската комисия Жан-Клод Юнкер по въпросите на престъпността. От 2021 г. тя участва в комисия за стратегически съвети по въпросите на изборите и демокрацията по света, която работи със средства от ЕС.